Trong quá trình hoạt động, không ít doanh nghiệp bị truy thu thuế, loại chi phí được trừ hoặc phải kê khai, điều chỉnh lại nghĩa vụ thuế không phải vì cố tình gian lận mà xuất phát từ những sai sót trong kê khai, hạch toán hoặc chưa áp dụng đúng quy định của pháp luật thuế.
Hiện nay, cùng với việc triển khai hóa đơn điện tử, kết nối dữ liệu giữa các cơ quan quản lý và tăng cường ứng dụng công nghệ trong quản lý thuế, cơ quan thuế có điều kiện đối chiếu thông tin nhanh chóng và toàn diện hơn. Vì vậy, những sai sót tưởng chừng nhỏ cũng có thể trở thành căn cứ để thanh tra, kiểm tra và xử lý theo quy định.
Dưới đây là 05 sai lầm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý trong năm 2026:
1. Thanh toán đúng nhưng sai phương thức
Đây là một trong những lỗi phổ biến nhất mà nhiều doanh nghiệp gặp phải.
Không ít trường hợp doanh nghiệp ký hợp đồng đầy đủ, hàng hóa hoặc dịch vụ đã được cung cấp thực tế, hóa đơn được lập hợp pháp nhưng lại thanh toán bằng tiền mặt đối với khoản chi có giá trị từ 5.000.000 đồng trở lên.
Theo Điều 9 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, để khoản chi đáp ứng điều kiện được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp thì đối với các khoản chi từ 5.000.000 đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, trừ các trường hợp pháp luật quy định được thanh toán bằng tiền mặt.
Nếu không đáp ứng điều kiện này, doanh nghiệp có nguy cơ bị loại khoản chi khi quyết toán thuế, làm tăng thu nhập chịu thuế và phát sinh số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp.
2. Có hóa đơn nhưng thiếu hồ sơ chứng minh giao dịch
Đây là sai lầm mà nhiều doanh nghiệp thường bỏ qua.
Thực tế, hóa đơn không phải là căn cứ duy nhất để chứng minh một khoản chi được chấp nhận khi tính thuế. Cơ quan thuế sẽ xem xét toàn bộ hồ sơ nhằm đánh giá giao dịch có phát sinh thực tế hay không và có phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp hay không.
Theo quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp, khoản chi muốn được tính vào chi phí được trừ phải đáp ứng đồng thời các điều kiện về tính hợp pháp, hợp lệ, có đầy đủ chứng từ và liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
Do đó, ngoài hóa đơn, doanh nghiệp nên lưu giữ đầy đủ:
- Hợp đồng;
- Báo giá hoặc chính sách bán hàng (nếu có);
- Biên bản nghiệm thu, bàn giao;
- Phiếu xuất, nhập kho;
- Biên bản thanh lý hợp đồng;
- Chứng từ thanh toán;
- Email, tài liệu trao đổi hoặc các chứng cứ khác chứng minh giao dịch phát sinh thực tế.
Nếu hồ sơ không đầy đủ hoặc không chứng minh được bản chất giao dịch, cơ quan thuế có thể không chấp nhận khoản chi hoặc từ chối khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định.
3. Ghi nhận doanh thu, chi phí không đúng kỳ kế toán
Nhiều doanh nghiệp phát sinh chi phí thực tế nhưng lại ghi nhận không đúng thời điểm.
Ví dụ, doanh nghiệp ghi nhận chi phí khi công việc chưa hoàn thành, hàng hóa chưa bàn giao hoặc chưa đáp ứng đầy đủ điều kiện ghi nhận theo quy định của pháp luật về kế toán.
Theo Điều 6 Luật Kế toán năm 2015, việc lập và trình bày báo cáo tài chính phải bảo đảm trung thực, khách quan, đầy đủ và đúng kỳ kế toán; doanh thu, chi phí phải được ghi nhận phù hợp với bản chất và thời điểm phát sinh của giao dịch.
Việc ghi nhận sai kỳ có thể dẫn đến:
- Phải điều chỉnh lại báo cáo tài chính;
- Điều chỉnh hồ sơ khai thuế;
- Phát sinh số thuế phải nộp bổ sung;
- Bị tính tiền chậm nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế;
- Trường hợp xác định có hành vi khai sai còn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
4. Hồ sơ, hóa đơn và dòng tiền không thống nhất
Đây là lỗi đang được cơ quan thuế đặc biệt quan tâm khi đối chiếu dữ liệu điện tử.
Không ít doanh nghiệp để xảy ra tình trạng:
- Hợp đồng ghi một nội dung;
- Hóa đơn ghi một nội dung khác;
- Biên bản nghiệm thu không phù hợp với hợp đồng;
- Nội dung chuyển khoản không khớp với hóa đơn hoặc hợp đồng;
- Giá trị thanh toán giữa các chứng từ không thống nhất.
Khi xem từng chứng từ riêng lẻ, có thể đều hợp lệ. Tuy nhiên, khi cơ quan thuế đối chiếu toàn bộ hồ sơ của giao dịch thì những điểm không thống nhất sẽ dễ bị phát hiện.
Theo nguyên tắc quản lý thuế và kế toán, hồ sơ của một giao dịch cần bảo đảm sự thống nhất về đối tượng, nội dung, giá trị, thời điểm thực hiện và chứng từ thanh toán.
Nếu không giải trình được sự khác biệt, cơ quan thuế có thể đánh giá giao dịch chưa đủ cơ sở chứng minh, từ đó điều chỉnh doanh thu, loại chi phí hoặc không chấp nhận khấu trừ thuế.
5. Điều chỉnh doanh thu, chi phí giữa các kỳ nhằm làm thay đổi nghĩa vụ thuế
Một số doanh nghiệp có xu hướng:
- Lùi thời điểm ghi nhận doanh thu sang kỳ sau;
- Đưa chi phí của kỳ sau vào kỳ trước;
- Điều chỉnh thời điểm hạch toán nhằm giảm số thuế phải nộp của từng năm tài chính.
Đây là hành vi tiềm ẩn nhiều rủi ro pháp lý.
Theo Điều 6 Luật Kế toán năm 2015, báo cáo tài chính phải phản ánh trung thực, khách quan và đầy đủ tình hình tài chính của doanh nghiệp theo từng kỳ kế toán. Việc cố ý ghi nhận doanh thu hoặc chi phí sai kỳ có thể làm sai lệch kết quả kinh doanh và nghĩa vụ thuế.
Khi cơ quan thuế phát hiện, doanh nghiệp có thể phải:
- Điều chỉnh lại doanh thu và chi phí của từng kỳ;
- Kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế;
- Nộp số thuế còn thiếu;
- Nộp tiền chậm nộp theo quy định;
- Trường hợp có hành vi khai sai hoặc trốn thuế thì còn có thể bị xử phạt theo Luật Quản lý thuế năm 2019, Nghị định số 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung) và các văn bản hướng dẫn có liên quan.
Khuyến nghị
Để hạn chế nguy cơ bị truy thu thuế khi thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp nên thường xuyên rà soát hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ thanh toán và việc ghi nhận doanh thu, chi phí; đồng thời cập nhật kịp thời các quy định mới của pháp luật về thuế và kế toán.
Bên cạnh đó, việc xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ, lưu trữ đầy đủ hồ sơ giao dịch và tham khảo ý kiến của luật sư hoặc chuyên gia thuế ngay từ khi phát sinh giao dịch sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu đáng kể các rủi ro pháp lý cũng như chi phí phát sinh trong quá trình hoạt động.
Luật Sao Việt sẵn sàng đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc tư vấn pháp luật thuế, rà soát hồ sơ kế toán, hỗ trợ giải trình với cơ quan thuế, tham gia làm việc khi thanh tra, kiểm tra và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật.
Liên hệ ngay để được Luật sư, Chuyên viên pháp lý hỗ trợ kịp thời:
- CÔNG TY LUẬT TNHH SAO VIỆT -
"Sự bảo hộ hoàn hảo trong mọi quan hệ pháp luật"
Tổng đài tư vấn pháp luật: 1900 6243
Địa chỉ tư vấn trực tiếp: Số 525 đường Lạc Long Quân, P. Tây Hồ, TP. Hà Nội
Gửi thư tư vấn hoặc yêu cầu dịch vụ qua Email: congtyluatsaoviet@gmail.com
